民用航空從組織體系上又可分為三種，即政府部門、機場系統、航空器使用部門。

政府部門在我國就是民航總局，它代表政府制定民航業的各項法規，對民航各方面的工作進行總的規劃管理，對駕駛員進行資格認證和考核，協調和指揮空中交通，負責重大國際民航業的外事活動，監督處理重大航空安全事務等等。

機場系統也很龐大。機場是空中運輸和地面交通的結合點，也是各種飛機在地面時的停放地點，除此以外它還有國家和地區門戶的作用。它需要配備很多項目的服務設施為飛機、旅客和貨物的安全服務。因此機場的品質直接影響到該地區的形象及經濟活動。

第三個部分就是廣大的航空器使用者，既有各個航空運輸企業，也包括使用飛機做通用飛行的單位和個人，以及為他們提供服務的其他行業，如：航空油料、飛機維修、航空材料、航空配餐、客貨代理、駕駛員及機務人員培訓等等。這許許多多的小部門組成了民航運輸的大行業，才能使民航運輸開展起來。