臺風災害防御由各級政府防汛指揮機構統一組織指揮，實行各級人民政府行政首長負責制，統一指揮、分級分部門負責。

國務院設立國家防汛指揮機構，由國務院有關部委、中央軍委總參謀部、武警部隊負責人等組成，負責領導、組織全國的防汛防臺風工作，其辦事機構設在水利部。長江、黃河、淮河、海河、珠江、松花江遼河、太湖等7 個國家重要河湖設立流域防汛指揮機構，由流域內有關?。ㄗ灾螀^、直轄市）人民政府、水利部流域管理機構負責人等組成，在國家防汛抗旱總指揮部辦公室領導下，指揮流域內的防汛防臺風工作，其辦事機構設在相應流域管理機構?？h級以上地方人民政府設立防汛指揮機構，由有關部門和單位、當地駐軍、武警部隊負責人等組成，在上級防汛指揮機構和本級人民政府領導下，指揮本地區的防汛防臺風工作，其辦事機構設在各級水利部門。