政府和非政府組織也啟動了生物柴油項目，通過回收廢棄食用油，再將其轉化為生物柴油。這是在1997 年于京都推出的一個開創性的舉措，期間締約方對聯合國氣候變化框架公約有關氣候變化的會議正在召開。市政府在廢棄食用油、垃圾收集車和城市公交車方面，推行了生物柴油燃料。中央政府從2007 財年增加了本地生物柴油項目的支持，例如農林水產省的生物燃料本地動用示范驗證項目和MOEJ 的環保燃料使用率促銷配套項目（Naoko Matsumoto et al，2009）。在東京，也存在私企從廢棄植物油中生產生物柴油。這個公司起初只是一個市民團體，他們為了保護環境而收集廚房廢棄油。至今，公司已經建立了自己的網絡，以從住戶、餐廳以及全國范圍內許多公共或私人機構收集廚房廢棄油，產量達到30KL/天，這是日本最大產能的生物柴油煉油廠。2011 年公司開始出口生物柴油到荷蘭，2012 年出口有所提高，并且急于在未來進一步擴大出口。表5-3 列出了日本近年來生產生物柴油所利用的廢棄食用油數量。盡管近年來使用數量逐年上升，但利用藻類生產生物柴油是日本很有前景的發展方向。