日本科學界，包括大學和公共或私人研究機構已經開始重視有關生物燃料的基礎和應用研究。近年，鑒于最近有關生物燃料可持續性討論，研究的重點已轉向纖維素資源和技術。2010年6月，美國政府和日本政府同意開始聯合研究有關生物燃料新生產方法的項目，以減少溫室氣體排放。2011年11月，美國國家科學基金會和日本科學技術振興機構聲明，四個美日研究團隊獲得總共約12 百萬的資金。每個項目將持續三年，但基于這三年研究成果的價值可以再增加兩年。這個項目包括生產藻類燃料的有效方法研究（Midori Iijima，2013）。